Cynthia E. Milton travaille sur l’histoire de la région andine, particulièrement sur les représentations historiques de la violence durant la période contemporaine du Pérou, ainsi que sur les perceptions de la pauvreté en Équateur à l’époque coloniale.

Ses recherches actuelles portent sur l’art produit à la suite d’une période de violence. Elle est présentement titulaire d’une bourse de recherche d’Alexander Von Humboldt (2011-2014) destinée aux chercheurs expérimentés, professeure associée et titulaire de la Chaire de recherche du Canada au département d’histoire de l’Université de Montréal.

Mes recherches portent sur l’histoire de la Nouvelle-France, en long et en large, et sur ses prolongements européens. Je m’intéresse aux circulations de toute sorte (personnes, biens, savoirs, informations) entre l'Amérique amérindienne et française, et l'Europe occidentale et centrale (1660-1800). Je poursuis mes travaux sur le circuit commercial des fourrures nord-américaines, dans un espace finalement hémisphérique s'étendant du pays amérindien vers l'est, jusqu'aux confins de l'Asie.

Une projet sur la circulation des savoirs vise l'histoire naturelle comme dispositif d'appropriation, pour l'instant à travers les travaux de Jean-François Gaultier (1708-1756), médecin du roi à Québec et correspondant de l’Académie royale des sciences.

J’explore aussi le domaine de l'historiographie et des mémoires populaires, et notamment, la trajectoire posthume du Régime français au Canada, depuis la Conquête de 1759.